تتكون كلية الصيدلة من الأقسام التاليـة:
أولاً: قسم الصيدلانيات والتكنولوجيا الصيدلية
ثانياً: قسم علم الأدوية والسموم
ثالثاً: قسم الكيمياء التحليلية والغذائية
رابعًا: قسم الكيمياء الحيوية والأحياء الدقيقة
خامساً: قسم الكيمياء الصيدلية والمراقبة الدوائية
سادساً: قسم العقاقير
تضم كلية الصيدلة في جامعة دمشق مجموعة كبيرة من المخابر تعمل على تأمين حاجات المقررات العملية وهي موزعة على الأقسام كما يلي:
- مخبر السموم
- مخبر تأثير الأدوية
- مخبر علم الحيوان
- مخبر الدراسات العليا / سموم
- مخبر الدراسات العليا / أدوية
- مخبر البحث العلمي
- مخبر الصيدلانيات 1 و 2
- مخبر التكنولوجيا الصيدلية 1 و 2
- مخبر الصيدلة الحيوية والحركية الدوائية وصيدلة المشافي
- مخبر دبلوم الصيدلة الصناعية
- مخبر ماجستير الصيدلة الصناعية
- مخبر البحث العلمي
- مخبر العقاقير
- مخبر كيمياء العقاقير
- مخبر الدراسات العليا / العقاقير
- مخبر البحث العلمي
- مخبر الكيمياء التحليلية والفيزيائية
- مخبر الدراسات العليا
- مخبر البحث العلمي
- مخبر الكيمياء الحيوية
- مخبر الجراثيم
- مخبر الكيمياء الطفيليات والدمويات
- مخبر الدراسات العليا / حيوية
- مخبر الدراسات العليا / أحياء دقيقة
- مخبر البحث العلمي
- مخبر الكيمياء الصيدلية
- مخبر المراقبة الدوائية
- مخبر الكيمياء العضوية
- مخبر الاصطناع الدوائي
- مخبر الدراسات العليا / الكيمياء الصيدلية
- مخبر الدراسات العليا
- مخبر النبات